صدور معافیت تحصیلی از طریق وزارت علوم و فناوری و اداره نظام وظیفه عمومی در ایران انجام می شود. بنابراین لازم است متقاضی پس از تایید مدارک مورد نیاز ( گواهی اشتغال به تحصیل) توسط نمایندگی جمهوری اسلامی ایران در کشور محل اقامت خویش، آنها را برای اقدام و پرداخت هزینه های مربوطه به همراه وکالتنامه برای یکی از بستگان خود در ایران ارسال داشته، تا موضوع توسط ایشان پیگیری شود. در ضمن در صورت انجام کار توسط پدر و یا مادر متقاضی، دیگر نیاز به وکالتنامه نمی باشد.
این نوع معافیت تحصیلی بیشتر برای کسانی است که قبل از مشمولیت خدمت نظام وظیفه از کشور خارج شده و در یکی از دانشگاههای معتبر خارج از کشور ثبت نام کرده اند. در این صورت ابتدا بایستی گواهی اشتغال به تحصیل خود را در سامانه میخک بارگذاری و به تایید سفارت رسانده ، سپس آنرا از طریق یکی از اقوام خود در تهران به وزارت علوم یا وزارت بهداشت ارائه و هماهنگی های لازم با نظام وظیفه را بعمل آورند و گواهی معافیت تحصیلی را از نظام وظیفه اخذ و جهت تشکیل پرونده دانشجوئی اقدام نمایند.